Экхарт родился в Купертино, штат Калифорния в семье поэтессы и автора детских книжек Мэри М.(Лоуренс) Экхарт и эксперта по информационным технологиям Джеймса К. «Сеньора Джима» Экхарта и является младшим из их троих сыновей. Получил воспитание при церкви «Святой последних дней» (англ. Latter-day Saint). Подростком Аарон жил с семьёй сначала в Англии, а затем и в Австралии, в Сиднее. После школы он на три года отправился на Гавайи, где занимался сёрфингом, а позднее служил в миссии церкви «Святой последних дней» во Франции и Швейцарии. Своё актёрское образование Аарон Экхарт получил в университете «Янг Бригам», который закончил в 1994 г. Аарон был обручён с актрисой Эмили Клайн, но расстался с ней в 1998 г. Для съёмок в фильме «
Эрин Брокович» (2000) он специально приобрёл мотоцикл, чтобы научиться ездить на этом транспортном средстве. В 2006 г., появились слухи о романтической связи, возникшей у Аарона с солисткой американской кантри-группы «ШиДэйзи» (SHeDAISY) Кристин Осборн после того, как он снялся в их клипе на песню «I’m Taking The Wheel», где он целуется с Кристин на протяжении всего клипа. Осборн также является членом церкви «Святой последних дней».