Первым фильмом Рани был «Свадебный кортеж», который был не очень успешным. Однако, последующие два фильма «Непокорившийся судьбе» и «Все в жизни бывает» стали хитами. После такого успеха на Рани градом посыпались предложения. Она кинулась за количеством и появилась во множестве фильмов, не преуспевших в кинотеатре.
В 2002 году она вернула прежний статус фильмом «Анатомия любви», который заслужил хорошие сборы и положительную критическую оценку. В 2003 году был довольно успешный фильм «Дорогами любви» с Шахрукх Кханом.
2004 год стал поворотным пунктом в карьере Рани. Её игра в «На перекрестке судеб» и кассовом «Ты и я» принесли ей сразу два Filmfare: Лучшая Женская Роль Второго Плана за первый фильм и Лучшая Актриса за второй.
В 2006 году она снялась в «Никогда не говори "Прощай"» Карана Джохара, бывшего одним из самых ожидаемых релизов года и в «Папа» B.R. Chopra. История вдовы, показанная в «Папа», не понравилась зрителям, и фильм провалился. Актриса также часто появляется на эстрадной сцене, она участвовала в ряде международных турне. «Temptations» 2004 был её самым успешным концертом, на котором она выступала вместе с Шахрукхом Кханом, Саифом Али Кханом, Прити Зинта, Арджуном Рампалом и Приянкой Чопра.
Рани Мукхерджи трижды возглавляла список «Десять лучших Болливудских актрис» с 2005 по 2007 год.
В феврале 2006 года журнал Filmfare поставил её на восьмое место в списке «Десять великих имен Болливуда». В 2007 она поднялась на пятое.