Советский и российский актёр театра и кино, кинорежиссёр. Народный артист РСФСР (1991).
Сергей Никоненко родился 16 апреля 1941 года в Москве. С 13 лет Сергей стал готовиться к карьере актёра, занимаясь в драматическом кружке и в студии художественного слова. По окончании школы поступил во ВГИК, на курс Сергея Герасимова и Тамары Макаровой.
Дипломный спектакль во ВГИКе — «Карьера Артуро Уи». По окончании ВГИКа в 1964 году работал в Театре-студии киноактёра (до 1974 года). В 1971 году окончил режиссёрский факультет ВГИК.
Сниматься в кино начал ещё во время учёбы, дебютировав в 1958 году в фильме «А я уезжаю домой». В 1974 году дебютировал как кинорежиссёр и сценарист.
Весной 2000 и 2008 годов заменял Игоря Квашу в программе Жди меня.