Багир Рафиев родился в 1959 году в Баку. В 17 лет Рафиев поступил в Ленинградский институт киноинженеров, закончив ЛИКИ в 1981 г. Был начальником цеха киносъемочной техники на киностудии "Азербайджанфильм".
В 1984 году поступил на второй курс операторского факультета ВГИК в мастерскую А. В. Гальперина. Учась во ВГИКе, Рафиев получил предложение в качестве оператора-постановщика снять фильм режиссера Эльдара Гулиева "Диверсия".
Багир Рафиев удостоен награды на кинофестивале в Сан-Франциско за лучшую операторскую работу в фильме "Саландар", за лучшую операторскую работу (Best Cinematography) в фильме "Белый лебедь" ("White Swan") на 2012 Movieville International Film Festival.
Багир принимал участие в съемках киноальманаха "Баку, я люблю тебя!"
22 октября Государственное агентство Украины по правам кино, в рамках экспертной оценки фильмов российского производства на предмет угрозы национальным интересам Украины, приняло решение не выдавать прокатное удостоверение 7 картинам. ...