Семья Аамира является одной из самых уважаемых семей в киноиндустрии Индии. Его отец Таир Хуссейн — продюсер; его дядя Насир Хуссэйн был режиссером. Его кузен Мансур Кхан — режиссер. Его брат Файзал Хан также актёр. Его кузен Тарик был актером в 1970-ых. Его племянник — актер, Имран Кхан.
Впервые Аамир Кхан сыграл в кино ребёнком — в 70-х годах XX ст. появился в фильме своего дяди. Он увлекался теннисом и даже стал чемпионом штата. Сейчас состоит во втором браке с продюсером и режиссером Киран Рао. От первого брака с Риной Дутта двое детей: сын (Джунаид) и дочь (Айра).