КЭРИ ФУКУНАГА родился в 1977 году в Окленде, штат Калифорния (США). Выпускник исторического факультета Калифорнийского университета в Санта-Крусе. Стажировался в Институте политических исследований в Гренобле и Нью-Йоркском университете. Во время обучения в последнем снял свой первый фильм – короткометражную ленту Victoria para Chino, основанную на реальных событиях и рассказывающую о судьбе 80 нелегальных иммигрантов из Мексики, попытавшихся добраться до Техаса в фуре-рефрижераторе. Картина была показана в 2005 году на кинофестивале «Сандэнс» и удостоилась почетного упоминания, а также т.н. «студенческого «Оскара».
В 2009-м в том же «Сандэнсе» состоялась премьера полнометражного художественного дебюта Фукунаги – фильма Sin Nombre, в центре повествования которого вновь оказались иммигранты. Лента получила приз за лучшую режиссерскую работу, а также награду за лучшую работу оператора (Адриано Гольдман). В настоящее время Кэри Йодзи Фукунага работает над несколькими проектами, в том числе фантастической драмой Spaceless и фильмом No Blood, No Guts, No Glory.