Джон Гевин Малкович родился 9 декабря 1953 года, в Бентоне (по другим сведениям — в Кристофере), штат Иллинойс, США. Его родителями были очень образованные Дэниел и Джо Энн Малковичи, хорваты по происхождению. Отец издавал городскую газету «Вечерние новости Бентона», а мама занималась воспитанием пяти детей: Джона, его брата Дэнни и их сестер Аманды, Мелиссы и Ребекки.
В юности Джон был очень проблемным подростком, с необузданным темпераментом, отчего родители даже выгоняли его из дома. В детстве он был очень слабым физически, но, благодаря личному упорству, к окончанию средней школы стал практически спортивной звездой школы.
Выбрав профессию биолога (эколога), Джон успешно окончил Университет штата Иллинойс. Прежде чем стать кинозвездой мировой величины, Джону довелось потрудиться и водителем школьного автобуса, и продавцом в универмаге.